Hoạt động thẩm định đánh giá định kỳ, giám sát và hậu kiểm được Sở thành lập Đoàn thẩm định và tổ chức thẩm định trực tiếp tại cơ sở. Đoàn thẩm định có trách nhiệm đánh giá việc duy trì xếp hạng và việc tuân thủ các điều kiện đảm bảo ATTP của cơ sở đối với các nội dung như: thủ tục pháp lý; hiện trạng thực tế đối với nhà xưởng, trang thiết bị máy móc, dụng cụ, dây truyền công nghệ sản xuất, nguồn nhân lực; việc thực hiện các quy định, tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật trong quản lý nguồn gốc nguyên liệu, chất lượng sản phẩm, ghi nhãn hàng hóa, hồ sơ truy xuất nguồn gốc sản phẩm….; Thực hiện lấy mẫu kiểm nghiệm để đánh giá chất lượng, an toàn thực phẩm đối với các cơ sở được đánh giá có kết quả xếp loại xuống hạng và có phát hiện nghi ngờ sản phẩm không đảm bảo. Đặc biệt tập trung lấy mẫu thực hiện hậu kiểm đối với sản phẩm đã công bố/tự công bố, các sản phẩm có bao gói hoàn chỉnh chưa thực hiện các quy định về tự công bố chất lượng theo quy định tại Điều 4, Điều 5, Nghị định 15. Trường hợp phát hiện các vi phạm điều kiện đảm bảo an toàn thực phẩm hoặc kết quả kiểm nghiệm cho thấy sản phẩm không đảm bảo chất lượng, mất an toàn, đoàn thẩm định lập biên bản đề nghị Sở Nông nghiệp và PTNT xử lý nghiêm các hành vi vi phạm theo quy định tại Nghị định 115/2018/NĐ-CP, Nghị định 124/2022/NĐ-CP của Chính phủ về việc Quy định xử phạt hành chính về an toàn thực phẩm, yêu cầu cơ sở khắc phục hậu quả và thông báo công khai danh sách cơ sở vi phạm, sản phẩm không đảm bảo trên các phương tiện thông tin đại chúng, websize của Sở…nhằm cảnh báo đối với cộng đồng và người tiêu dùng.